En 1997 se firmó el convenio "Marco Interuniversitario", para crear un canal académico generador de proyectos y orientaciones que impulsen el desarrollo regional.

Con la desaparición del Corpes de Occidente, como organismo de planeación territorial, se suscitó el escenario ideal para que las universidades desarrollaran su potencial en esta materia.

El terremoto del Eje Cafetero, en enero 25 de 1999, generó nuevos retos y compromisos a las universidades públicas de la región.

En septiembre del 2000 se constituye la Red de Universidades Públicas del Eje Cafetero ALMA MATER, luego de suscribirse los respectivos convenios interadministrativos para el aseguramiento de la infraestructura y cooperación académica.

En mayo del 2004 se incorporan como socias la ESAP, el CINOC y la UNAD.